Το Αγκίστρι αποτελείται από χαμηλούς καταπράσινους λόφους, οι οποίοι καλύπτονται από πυκνά πευκοδάση. Το Αγκίστρι είναι το τρίτο νησί στην Ελλάδα που έχει αναλογία πρασίνου (80%).

Στο Αγκίστρι, εκτός από τα πεύκα και τις κουκουναριές, θα συναντήσετε ελαιώνες, συκιές, αμυγδαλιές και αμπέλια. Κυρίως στους πευκόφυτους λόφους θα δείτε σπάνια αγριολούλουδα, σχοίνα, αρωματικά και φαρμακευτικά βότανα, θυμάρι, ρίγανη, φασκόμηλο και χαμομήλι.

Στα χωράφια που υπάρχουν στο Αγκίστρι συνήθως σπέρνονται ανάμεσα στις συκιές, στις ελιές και στις αμυγδαλιές, στάρι και κριθάρι.

Κατά παράδοση τα κύρια προϊόντα του νησιού είναι ρετσίνι από πεύκο, ελαιόλαδο, δημητριακά, βαμβάκι, οπωροκηπευτικά, φρούτα, σύκα, αμύγδαλα και κριθάρι.

Το νησί περιμετρικά αποτελείται από πολλούς μικρούς όρμους και από ηπήνεμους κολπίσκους με καταγάλανα νερά, στους περισσότερους από τους οποίους τα πεύκα φτάνουν μέχρι την θάλασσα.

Η πανίδα του νησιού αποτελείται από λαγούς, αγριοκούνελα, αλεπούδες, ποντίκια, σκαντζόχοιρους, ασβούς, νυφίτσες, χελώνες, φίδια και σαύρες.

Από πτηνά υπάρχουν κοράκια, χελιδόνια, πετροχελίδονα, σπουργίτια, κουκουβάγιες, γκιώνιοι, μπούφοι, θαλασσοπούλια, αγροοπερίστερα, σουσουράδες, κεφάλες, κοτσίφια, κοκκινολέμηδες, καρακάξες και διάφορα ωδικά όπως σπίνοι, καρδερίνες και φλώροι.

Το θαλάσσιο οικοσύστημα γύρω από το Αγκίστρι παρουσιάζει μεγάλη ποικιλία ειδών, όπως: μαρίδα, σαρδέλα, αθερίνα, γαύρος, γόπα, παλαμίδα, μπαρμπούνι, κουτσομούρα, μπακαλιάρος, κέφαλος, κωβιός, σκουμπρί, σαφρίδι, κολιός, σπάρος, γύλος, πέρκα, χάνος, σαργός, σκορπιός, λιθρίνι, στήρα, ροφός, σφυρίδα, συναγρίδα, λαυράκι, τσιπούρα, χταπόδι, σουπιά, σαλάχι, σμέρνα, μουγκρί, ζαργάνα και πολλά άλλα διάφορα είδη θαλασσινών.